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生物信息学考试整理

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来源：文库

作者：开心麻花

2025-09-19

生物信息学考试整理（精选6篇）

生物信息学考试整理第1篇

1.生物信息学：生物信息学包含了生物信息的获取、处理、分析、和解释等在内的一门交

叉学科；它综合运用了数学、计算机学和生物学的各种工具来进行研究；目的在于阐明大量生物学数据所包含的生物学意义。

2.BLAST直译：基本局部排比搜索工具意译：基于局部序列排比的常用数据库搜索工

具含义：蛋白质和核酸序列数据库搜索软件系统及相关数据库

3.PSI-BLAST：是一种迭代的搜索方法，可以提高BLAST和FASTA的相似序列发现率。

4.一致序列：这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特

定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。

5.HMM隐马尔可夫模型：是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型，包括序列的匹

配，插入和缺失状态，并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。

6.信息位点：由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。

7.非信息位点：对于最大简约法来说没有意义的点。

8.标度树：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

9.非标度树：只表示亲缘关系无差异程度信息。

10.有根树：单一的节点能指派为共同的祖先，从祖先节点只有唯一的路径历经进化到达其

他任何节点。

11.无根树：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考物种，可以在无根树中指派根节点。

12.注释：指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指在基因组DNA中寻找基

因和其他功能元件（结构注释），并给出这些序列的功能（功能注释）。

13.聚类分析：一种通过将相似的数据划分到特定的组中以简化大规模数据集的方法。

14.ESI电喷雾离子化：一种适合大分子如蛋白质离子化没有明显降解的质谱技术。样品溶

解后从高电压控制下的细针中喷出，形成的带电荷微小液滴从一个小孔直接进入质谱仪的真空室中，在其钟被一股惰性气体干燥形成气态离子，这些气态离子从分析仪向探测器加速（飞行）。

15.机制辅助的激光解析/离子化（MAIDI）：这一技术通过质谱产生离子，这适合于没有降

解的大蛋白质的分析。基本原理是将分析物分散在机制分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，基质分子吸收激光能量，样品解吸附，基质-样品之间发生电荷转移使样品电子分离。

16.质谱(MS)：是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比(m/z)的方法，从而使分子质

量的准确确定成为可能。基本原理：将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，基质分子吸收激光能量，样品解吸附，基质—样品之间发生电荷转移使样品分子电离。

17.微阵列芯片：将探针有规律地排列固定于载体上，与标记荧光分子的样品进行杂交，通

过扫描仪扫描对荧光信号的强度进行检测，从而迅速得出所要的信息。

18.虚拟消化：是在已知蛋白质序列和蛋白外切酶之类切断试剂的已知特异性的基础上，由

计算机进行的一种理论上的蛋白裂解反应。

19.分子途径是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。

20.虚拟细胞：一种建模手段，把细胞定义为许多结构，分子，反应和物质流的集合体。

21.先导化合物：是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致

药物发现的特殊化合物。就是利用计算机在含有大量化合物三维结构的数据库中，搜索能与生物大分子靶点匹配的化合物，或者搜索能与结合药效团相符的化合物，又称原型物，简称先导物，是通过各种途径或方法得到的具有生物活性的化学结构

22.权重矩阵（序列轮廓）：是一种描绘蛋白质结构域家族相序列的方法。它们表示完全

结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法。（课件定义）基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

23.系统发育学（phylogenetic）：确定生物体间进化关系的科学分支。

24.系统生物学（systems biology）：是研究一个生物系统中所有组分成分（基因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程

25.蛋白质组（proteome）：是指一个基因组、一种生物或一个细胞/组织的基因组所表达的全套蛋白质。

26.进化树：物种的进化被表现成为一系列的分叉，并符合分类理论，这些树就叫做进化树。

27.DBGET/LinkDB：由日本的化学研究所和人类基因组中心所开发的在线数据检索工具。

也见Entrez，SRS。

28.肽指纹图谱：蛋白质注释的一种方法，用质谱技术确定肽分子量（由蛋白酶消化产生）

并用来搜索蛋白质数据库找到与“虚拟消化”蛋白质相匹配项。

29.E值：对某个已识别出的相似度值S，E值是分值大于等于S的期望频率，改值可以被

理解为期望随机得到等于S或大于S值的分值数目。

30.相似度表和距离表：使显示物种间一套选定字符的相关性的表格，采用匹配的百分比（相

似度表）或者差异的百分比（距离表）来表示。

31.无监督分析法：这种方法没有内建的分类标准，组的数目和类型只决定于所使用的算法

和数据本身的分析方法。有监督分析法：这种方法引入某些形式的分类系统，从而将表达模式分配到一个或多个预定义的类目中。

32.距离矩阵法：首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推到得

出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵，其次基于这个矩阵中的进化距离关系构建进化树；最大简约法：该法依据在任何位置将一条序列转变成另一条序列所需要突变的最少数量对序列进行比较和聚类；最大似然法：该模型可将一个给定替代发生在序列中任何位置的概率融合进算法，该方法计算序列中每个位置的一个给定序列变化的可能性，最可靠的树为总的可能性最大的那棵。

33.一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理

和注释；二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，即非原始的实验数据，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。

1.常用的三种序列格式：NBRF/PIR,FASTA和GDE

2.三个核算序列数据库：GenBank，EMBL和DDBJ

3.蛋白质序列数据库：SWISS-PROT和TrEMBL

4.提供蛋白质功能注释信息的数据库：KEGG（京都基因和基因组百科全书）和PIR（蛋白质信息资源）5.目前由NCBI维护的大型文献资源是PubMed

6.数据库常用的数据检索工具：Entrez，SRS，DBGET

7.常用的序列搜索方法：FASTA和BLAST

8.高分值局部联配的BLAST术语是HSPs（高分值片段对），E（期望值）

9.多序列联配的常用软件：Clustal10.蛋白质结构域家族的数据库有：Pfam，SMART

11.系统发育学的研究方法有：表现型分类法，遗传分类法和进化分类法

12.系统发育树的构建方法：距离矩阵法，最大简约法和最大似然法

13.常用系统发育分析软件：PHYLIP

14.检测系统发育树可靠性的技术：bootstrapping和Jack-knifing

16.查找简单基因的程序：NCBI ORF finder

17.测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是GASP（基因预测评估项目）

18.二级结构的三种状态：α螺旋，β折叠和β转角

19.用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括输入层，隐含层和输出层

20.通过比较建模预测蛋白质结构的软件有SWISS——MODEL网站

21.蛋白质质谱数据搜索工具：SEQUEST（原理：经试验确定的肽或肽片段的质谱与数据库中预测的质谱进行匹配）。22.分子途径最广泛数据库：KEGG

23.Entrez搜索：PubMed的文献数据库MEDLINE。SRS搜索方式：标准搜索，扩展搜索。

1.FASTA序列格式：第一行以“>”开头但并没有指明是蛋白质还是核酸序列。后跟代码，接着是注释（在同一行），通常注释要以“|”符号相隔，第一行没有长度限制。值得注意的是FASTA文件允许以小写字母表示氨基酸。文件扩展名为“.fasta”。

NBIR/PIR序列格式：第一行以“>”开头，后面紧跟两字母编码（P1代表蛋白质序列，N1代表核酸），再接一个分号，分号后紧跟序列标识号。后面是说明行，该行可长可短，没有长度限制。接下来是序列本身，以“*”号终止。文件的扩展名为“.pir”或“.seq”。GDE序列格式：与FASTA的格式基本相同，但行首为“%”，文件扩展名为“.gde”。）

2.BLAST的五个子程序（1）Blastp，用蛋白质查询蛋白质序列，可以找到具有远源进化关系的匹配序列，方法是用待搜索蛋白序列与蛋白数据库比较。（2）Blastn，用核苷酸查询核苷酸序列，适合寻找分值较高的匹配，不适合远源关系，待搜索核酸序列与核酸数据库比较（3）Blastx，用蛋白质查询已翻译核苷酸序列，适合新DNA序列和EST序列的分析，将待搜索核酸序列按6个读框翻译成蛋白质序列，然后与数据库中的蛋白质比较。（4）Tblastn，用已翻译核苷酸查询蛋白质，适合寻找数据库中尚未标注的编码区，将数据库中核酸序列按6个读框翻译成蛋白序列，然后与待搜索蛋白序列对比。（5）Tblastx，用已翻译核苷酸查询已翻译核苷酸序列。适合分析EST序列，无论是待搜索核酸序列还是数据库中核酸序列，都按6个读框翻译成蛋白序列。

4.PSI-Blast的原理：是一种将双序列比对和多序列比对结合在一起的数据库搜索方法。其主要思想是通过多次迭代找出最佳结果。每次迭代都发现一些中间序列，用于在接下去的迭代中寻找查询序列的更多疏远相关序列（拓展了序列进化关系的覆盖面积）。具体做法是最初对查询序列进行BLAST搜索。接着把这次查找得到的每一击中项（高于选择的E值的选项）作为BLAST搜索第二次迭代的查询序列。第二次迭代应该找到比最初查询序列更多的进化关系，重复（迭代）这个过程直到找不到有意义的相似序列为止。

5明该树是可信的。第二，数据可以被重新取样，来检测他们系统上的重要性。在一种被称为bootsrapping的技术中，数据被随机从多序列联配的任何位置取样，接着被整合进入新的人工联配，这些联配之后通过构建树来检测。由于取样是随机的，一些位置可能被多次取样，而另一些则没由被取样过。Jack-knifing是一种和上述相似的过程，其中50%的原始数据被重新取样构成一个新的矩阵，再从该矩阵重新构建系统发育关系。

7．原核生物和真核生物基因组中的注释所涉及的不同问题：在原核生物中，基因密度很高

（也就是说，只有很少的基因组DNA）并且绝大多数基因不含内含子。在真核生物中，基因密度下降并且由于物种自身复杂的增高而使基因复杂度也增高。因此，在高等真核生物基因组中寻找基因可能会非常困难。

9.预测蛋白质三级结构的三种方法 1)同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型； 2)折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型； 3)从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。

11.先导化合物的来源有四种来源：1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最

著名的例子就是亚历山大.弗莱明发现的青霉素，今天所用的许多抗生素皆由其发展出来）

2）也可以通过替代疗法的药物开发中发现的药物副作用来识别先导化合物（例如，镇定剂氯化物丙嫀是在试验中发现用在抗组胺剂时被发现的）3）先导化合物也可以来自传统医药学（如奎宁化合物就来自金鸡纳的树皮）4）先导化合物也可以来自天然的底物或是配体（比如说，肾上腺素作为舒喘宁的类似物用来治疗哮喘）

12.简述DNA计算机的基本原理： 1)以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，作为信息编码的载体，利用DNA分子的双螺旋结构和碱基互补配对的性质，将所要处理的问题映射为特定的DNA分子；2)在生物酶的作用下，通过可控的生化反应生成问题的解空间；最后利用各种现代分子生物技术如聚合酶链反应RCR、超声波降解、亲和层析、分子纯化、电泳、磁珠分离等手段破获运算结果。.DNA计算机优点：低能耗、存储容量高、运算速度快，可真正实现并行工作。

13.简述DNA计算实现方式中，表面方式与试管方式相比具有哪些优点？

试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；

表面方式：是将对应的解空间的DNA分子固定在一块固体上，其次进行各种生化反应，或是在表面逐步形成解空间，然后根据具体问题对所有可能的解进行筛选，最后得到运算结果。优点：(1)操作简单，易于实现自动化操作；(2)减少人为操作过程中造成的DNA分子的丢失及其它操作失误；(3)减少分子在表面上的相互作用，同时增强分子间的特异性结合；(4)信息储存密度大，据估计，10毫克DNA表面上的储存密度是传统计算姬的10的8次方倍，而在溶液中仅为10的5次方倍；(5)结果易于纯化。

14.简述PCR引物设计的基本原则及其注意要点原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能再模板的非等位点引发DNA聚合反应（即错配）。注意要点：

1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适合于TaqDNA聚合酶进行反应。

2、引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发几率增加。

3、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。

4、引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。

5、引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有很多种方法，如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T)，在Oligo软件中使用的是最邻近法（thenearestneighbormethod）。

6、G值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端G值较低（绝对值不超过9），而在5’端和中间G值相对较高的引物。引物的3’端的G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。

7、引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。

8、对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。

15.假设你得到一段未知基因的DNA序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设

计一个分析流程来分析该未知基因的功能和家族类别（包括系统发育树构建）

1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与其基因相似的核苷酸序列和蛋白质序列。

2、接着，用搜索出来的较相似的序列用ClustW进行多序列比对，得到该序列的保守情况和突变情况。

3、最后用距离法构建系统发育树。

16.假设你得到一段未知蛋白的氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知蛋白的功能和家族类别以及其结构预测。

1、用该序列进行BLASTP搜索。

2、再对其进行蛋白质结构域、功能域的搜索，可以用Znterproscan、Pfam，并对其进行结构分析。

3、再用ClustW进行多序列比对。

4、用人工神经网络的方法对其结构进行结构预测。

5.多序列联配的意义：

1）分析多个序列的一致序列；2）用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初始步骤；

3）寻找个体间单核苷酸多态性；4）通过序列比对发现直亲同源与旁系同源基因；5）寻找同源基因（相似的序列往往具有同源性）；6）寻找蛋白家族识别多个序列的保守区域；7）相似的蛋白序列往往具有相似的结构与功能；8）辅助预测新序列的二级或三级结构；9）可以直观地看到基因的哪些区域对突变敏感；10）PCR引物设计。

6.系统发育学的研究方法： 1）表现型分类法：将表型相像的物种归类在一起，所有特征都要被考虑到； 2）遗传分类法：具有共有起源的物种归类在一起，也就是说，这些字符并没有出现在离它们较远的祖先序列； 3）进化分类法：该方法综合了表现型分类法和遗传分类法的原理，进化方法被普遍认为是最好的系统发育分析方法，因为该方法承认并采用目前的进化理论；

8.简述人工神经网络预测蛋白质二级结构的基本步骤。

（1）输入数据（来自PDB）（2）产生一个神经网络（一个计算程序）（3）用已知的蛋白质二级结构来训练这个模型（4）由训练好的模型来给出未知蛋白的一个可能的结构

（5）最后从生物角度来检验预测的一系列氨基酸是否合理

10.分子途径和网络的特点：（1)分子途径和网络的结构随意性大。图可以很简单，也可以非常复杂。它们可能包含了多个分支，盘绕的连接和回路。（2)它们通常也显示出节点间关系的方向，例如表示出代谢通路或信号传导的方向。调控途径和网络的图也应该说明相互作用是正的还是负的。正的相互作用(促进或者活化作用)常常用箭头表示，而负的交互效应(抑制或者失活作用)常常用T型棒表示。

生物信息学考试整理第2篇

二、审计特征----独立性和权威性独立性①机构独立；②业务工作独立；③经济独立。

启示：1.注会审计产生的直接原因是财产所有权与经营权的分离

2.注会审计随着商品经济的发展而发展

3.注会审计具有客观、独立、公正的特征。

证实客观事物的方法盘点法、调节法、观察法、查询法、鉴定法

审计具有经济监督职能、经济鉴证职能和经济评价职能

审计的作用审计具有制约作用、促进作用、证明作用。

注会职业道德是指注册会计师职业品德、注册会计师职业纪律、注册会计师专业胜任能力、注册会计师职业责任等的总称。

二、注册会计师职业道德基本原则：1.独立、客观、公正(结合第二节独立性)2.专业胜任能力和应有关注①专业胜任能力的获取②专业胜任能力的保持）3.保密）4.职业行为②对客户的责任：竭诚为客户服务，按照业务约定履行对客户的责任；秘密保密，并不得利用其为自己或他人谋取利益；会计师事务所不得以或有收费形式为客户提供鉴证服务。）5.技术责任独立性：要求形式上的和实质上的独立。影响因素：经济利益、自我评价、关联关系和外界压力

收费考虑因素：服务所需的知识和技能、所需人员的水平和经验、所需时间、所需承担的责任。

审计质量——审计工作及其结果的优劣程度。

审计质量控制——会计师事务所为了确保审计工作质量符合注会执业准则的要求对审计的各种业务活动或行为进行有计划的监督、综合和协调的一种活动或行为。是会计师事务所的内控制度

在审计实务中，主任会计师对质量控制制度承担最终责任，在制度上保证了质量控制制度的地位和执行力

业务执行：指导、监督和复核

被审计单位方面的责任——错误、舞弊与违法行为、经营失败

注册会计师方面的责任----违约、过失和欺诈的含义。

注册会计师避免法律诉讼的具体措施：1.完善我国目前现有的法律法规2.严格遵循职业道德和专业标准的要求3.建立、健全会计师事务所质量控制制度4.审慎选择被审计单位5.深入了解被审计单位的业务6.提取风险基金或购买责任保险7.聘请熟悉注册会计师法律责任的律师

我国财务报表审计的总目标——将审计作为一项系统工作或活动所期望实现的目标

财务报表审计的目标是注册会计师通过执行审计工作，对财务报表合法性和公允性发表审计意见：

1.财务报表是否按照适用的会计准则和相关会计制度的规定编制；

2.财务报表是否在所有重大方面公允反映被审计单位的财务状况、经营成果和现金流量。

审计具体目标——在审计总目标的基础上，对具体的审计项目所期望达到的目的或期望取得的最终结果，它是对审计总目标的具体化。

认定是指管理层对财务报表各组成要素的确认、计量、列报作出的明确或隐含的表达。

认定与具体审计目标的关系：1.具体审计目标是根据认定来确定.)2.对应关系）3.具体目标是对认定的确认

审计程序：接受业务委托签定审计业务约定书）2.计划审计工作）3.实施风险评估程序）4.实时控制测试和实质性程序）5.完成审计工作和编制审计报告

审计业务约定书：指会计事务所与被审计单位签定的，用以记录和确认审计业务的委托与受托关系、审计目标和范围、双方责任以及报告的格式等事项的书面协议。

重要性——指被审计单位会计报表中错报或漏报的严重程度。

审计重要性运用的情形：①审计计划阶段，此时重要性被看做是审计所允许的可能或潜在的未发现错报或漏报的限度②评价审计结果时，此时重要性被看做是某一错报或漏报或汇总的错报或漏报是否影响到会计报表使用者的判断和决策的标志。计划阶段确定重要性水平：

1.从数量方面考虑重要性：（1）财务报表层次的重要性水平（2）各类交易、账户余额、列表认定层次的重要性水平

2.从性质方面考虑重要性

重要性与审计风险的关系----反向关系。

3.已经识别的具体错报——注会在审计过程中发现的，能够准确计量的错报。

推断误差——注会对不能明确、具体地识别的其他错报的最佳估计数

① 尚未更正错报的汇总数低于重要性水平：注会可以发表无保留意见的审计报告

② 尚未更正错报的汇总数超过或接近重要性水平或低于但接近于重要性水平：扩大审计程序的范围，要求管理层调整财务

报表降低审计风险，如果管理层拒绝调整相爱无报表并且扩大范围的结果不能使注会认为尚未更正错报的汇总数不重大，则考虑出具非无法保留意见的审计报告。若汇总数接近，则考虑是否可能超过了

计划审计工作——指注会为了完成财务报表的审计业务，大道预期的审计目标，在具体执行审计程序之前对审计工作所作的合理规划和安排，即制定审计计划。

2、初步业务活动：①针对保持客户关系和具体审计业务实施相应的质量控制程序：被审计单位的主要股东、管理层和治理层是否诚信，项目组是否具备执行审计业务的专业能力以及必要的时间和资源，会计事务所和项目组能否遵守职业道德规范②评价遵守职业道德规范的情况，包括评价独立性③及时签订或修改审计业务约定书。

3、总体审计策略——用以确定审计范围、时间和方向，并指导制定具体审计计划。

内容：①向具体审计领域调配的资源②想具体审计领域分配资源的数量③何时调配这些资源④如何管理、指导、监督这些资源的利用

4、具体审计计划——依据总体审计策略制定的，对实施总体审计策略所需的审计程序的性质、时间和范围等所作的详细规划和说明。

包括：风险评估程序、计划实施的进一步审计程序、其他审计程序

5、其他相关要求：①审计过程中对计划的更改（计划审计工作是一个持续的、不断修正的过程，贯穿整个审计业务中）②指导、监督与复核（对项目组的成员工作，影响因素：被审计单位的规模和复杂程度，审计领域，重大错报风险，项目组成员的素质和专业胜任能力）③对计划审计工作的记录（内容：总体审计策略、具体审计计划、计划的重大修改等记录）④与治理层和管理层的沟通。

一、审计证据——是指注册会计师为了得出审计结论、形成审计意见而使用的所有信息，包括财务报表依据的会计记录中含有的信息和其他信息。

内部证据——由被审计单位机构或职员编制和提供的书面证据，如被审计单位的会计记录、管理层的声明书以及其他各种由被审计单位编制和提供的有关书面文件。

外部证据——是由被审计单位以外的组织机构或人士编制的书面证据。

虽然一般情况下外部证据的可靠性高于内部证据，但是审计工作不可能甩开内部证据而只依靠外部证据，相反，注册会计师还是需要大量的内部证据来支持审计结论。

认定——是指管理层对财务报表各组成要素的确认、计量、列报作出的明确或隐含的表达。

2、审计证据数量与质量特性——审计证据的充分性和适当性

审计证据的充分性——审计证据的数量足以支持注会的审计意见。（所需证据的最低数量要求）

考虑因素：审计风险、具体审计项目的重要程度、注会及其业务助理人员的经验、审计过程中是否发现错报或舞弊、审计证据质量、总体规模与特征

审计证据的适当性----是对审计证据质量的衡量。相关性和可靠性

1.相关性——注会只能利用与审计目标相关联的审计证据来证实被审计单位所认定的事项。

2.可靠性——审计证据的可信程度

4、获取审计证据的审计程序

审计程序类型---按目的划分

①.风险评估程序----了解被审计单位及其环境

②.控制测试----A.在评估认定层次的重大错报风险时，预期控制的运行是有效的B.仅实施实质性程序不足以提供认定层次充分、适当的审计证据

③.实质性程序----A.细节测试

B.实质性分析程序

二、审计工作底稿——注册会计师对制定的审计计划、实施的审计程序、获取的相关审计证据，以及得出的审计结论作出的记录。是审计证据的载体

目的：①提供充分、适当的记录，作为审计报告的基础 ②提供证据证明其按照中国注会审计准则的规定执行了审计工作。

2、对审计工作底稿实施控制程序的目的：①安全保管并对其保密②保证其完整性③便于其使用和检索④按照规定的时间保存

3、审计工作底稿的存在形式----以纸质、电子或其他介质存在，文字应当使用中文。可以同时使用其他文字

4、确定审计工作底稿的因素：①审计程序的性质 ②已识别的重大错报风险 ③审计的范围 ④已获取审计证

据的重要程度 ⑤已识别的例外事项的性质和范围 ⑥使用的审计方法和工具

5、要素：①被审计单位名称、②审计项目名称、③审计项目时点或期间、④审计过程记录、⑤审计结论⑥审计标识及其说明、⑦索引号及编号、⑧编制者姓名及编制日期、⑨复核者姓名及复核日期、⑩其他应说明事项

7、需要变动情形：1.注册会计师已实施了必要的审计程序，取得了充分、适当的审计证据并得到了恰当的审计结论，但审计工作底稿的记录不够充分。2.审计报告日后，发现例外情况要求注册会计师实施新的或追加审计程序，或导致注册会计师得出新的结论。

风险评估程序：1.询问被审计单位管理层和内部其他相关人员2.实施分析程序3.观察和检查

了解被审计单位及其环境：1.行业状况、法律环境与监管环境以及其他外部因素2.被审计单位的性质

3.被审计单位对会计政策的选择和运用4.被审计单位的目标、战略以及相关经营风险5.被审计单位财务业绩的衡量和评价

6.被审计单位内部控制

了解被审计单位内部控制——评价控制的设计、获取控制设计和执行的审计证据、了解内部控制与测试控制运行的有效性的关系。方法有：询问、观察、检查和穿行测试

内部控制——被审计单位为了合理保证财务报告的可靠性、经营的效率和效果以及对法律法规的遵守，由治理层、管理层和其他人员设计与执行的政策及程序。

内部控制的要素：1.控制环境2.风险评估过程3.信息系统与沟通4.控制活动5.对控制的监督

注册会计师应当实施以下风险评估程序以获取有关控制设计和执行的审计证据：1.询问被审计单位的人员

2.观察特定控制的应用3.检查文件和报告4.追踪交易在财务报告信息系统中的处理过程（穿行测试）

内部控制的局限性（1）在决策时人为判断可能出现错误和由于人为失误而导致内部控制失效（2）可能由于两个或更多的员进行串通或管理层凌驾于内部控制之上而被规避

二、识别和评估财务报表层次以及认定层次的重大错报风险

识别和评估重大错报风险的审计程序：

1、在了解被审计单位及其环境的整个过程中识别风险，并考虑各类交易、账户余额、列报

2、将识别的风险与认定层次可能发生错报的领域相联系

3、考虑识别的风险是否重大。

4、、考虑识别的风险导致财务报表发生重大错报的可能性

（三）识别两个层次的重大错报风险——报表层次（控制环境）、认定层次（业务层面内控、业务活动）

特别风险——确定识别的风险哪些是需要特别考虑的重大错报风险，此类风险称之为特别风险。

(一)确定特别风险时应考虑的事项：风险是否属于舞弊风险、风险是否属与近期经济环境、会计处理方法和其他方面的重大变化有关、交易的复杂成度、风险是否涉及重大的关联方交易、财务信息计量的主观程度、风险是否涉及异常或超出正常经营过程的重大交易

2、下列情况通常表明内部控制存在重大缺陷：（1）注册会计师在审计工作中发现了重大错报，而被审计单位的内部控制没有发现这些重大错报（2）控制环境薄弱（3）存在高层管理人员舞弊迹象（无论涉及金额大小）

针对财务报表层次重大错报风险的总体应对措施1.向项目组强调在收集和评价审计证据过程中保持职业怀疑态度的必要性;2.分派更有经验或具有特殊技能的审计人员，或利用专家的工作;3.提供更多的督导;

4.在选择进一步审计程序时，应当注意使某些程序不被管理层预见或事先了解;5.对拟实施审计程序的性质、时间和范围作出总体修改。

针对认定层次重大错报风险的进一步审计程序

1、进一步审计程序的性质——进一步审计程序的目的和类型。

2.进一步审计程序的目的: 通过控制测试以确定内部控制测试以确定内部控制运行的有效性，通过实施实质性程序以发现认定层次的重大错报.2.进一步审计程序的类型: 检查、观察、询问、函证、重新计算、重新执行和分析程序.3、控制测试——测试控制运行的有效性

获取控制是否有效运行的审计证据的方法：①控制在所审计期间的不同时点是如何运行的②控制是否得到一贯执行③控制由谁执行④控制以何种方式运行

控制测试并非在任何情况都需要实施,实施的情况有：①在评估认定层次重大错报风险时，预期控制的运行是有效地②仅实施实质性程序不足以提供认定层次充分、适当的审计证据。

控制测试的性质——控制测试所使用的审计程序的类型及其组合（即方法）

方法有：询问、观察、检查和穿行测试、重新执行（最可靠）

控制测试的范围：指某项控制活动的测试次数。

影响因素：①控制执行的频率，成正比 ②控制运行的有效时间长度 ③控制运行有效性的程度④获取的审计证据的范围⑤控制的语气偏差⑥审计证据的相关性和可靠性

4、实质性程序——是指注册会计师针对评估的重大错报风险实施的直接用以发现认定层次重大错报的审计程序。实质性程序的性质——实质性程序的类型及其组合。实质性程序基本类型包括细节测试和实质性分析程序。

细节测试——对各类交易、账户余额、列报的具体细节进行测试。

实质性分析程序——分析程序，通过研究数据间关系评价信息，只是将该技术方法用做实质性程序，即用以识别各类交易、账户余额、列报及相关认定是否存在错报。

范围：重大错报风险、控制测试结果

销售交易的内部控制和控制测试：1.适当的职责分离2.正确的授权审批3.充分的凭证和记录4.按月寄出对账单5.内部核查程序

应收账款的实质性程序：1.取得或编制应收账款明细表2.检查涉及应收账款的相关财务指标3.检查应收账款账龄分析是否正确4.向债务人函证应收账款5.确定已收回的应收账款金额6.对未函证应收账款实施替代审计程序7.检查坏账的确认和处理8.抽查有无不属于结算业务的债权9.检查贴现、质押或出售10.对应收账款实施关联方及其交易审计程序

固定资产的内部控制：1.固定资产的预算制度2.授权批准制度3.账簿记录制度4.职责分工制度5.固定资产的处置制度6.定期盘点制度

应付账款的实质性程序：1.获取或编制应付账款明细表，复核加计并与报表数、总账数和明细账合计数核对2.进行分析程序

3.函证应付账款4.查找未入账的应付账款5.检查应付账款长期挂账的原因

编制存货监盘计划时的审计程序：1.了解存货的内容、性质、各存货项目的重要性程度及存放场所2.了解与存货相关的内部控制3.评估与存货相关的重大错报风险和重要性4.查阅以前存货监盘工作底稿5.考虑实地查看存货的存放场所6.考虑是否利用专家的工作7.复核或与其他管理层讨论其存货监盘计划

存货监盘程序：1.观察程序2.检查程序3.需要特别关注的情况：存货的移动情况、存货的状况、存货的截止4.对特殊类型存货的监盘

期初存货余额的审计：查阅前任注会的工作底稿2.复核上期存货盘点记录3.检查上期存货交易记录4.运用毛利百分比法等进行分析

银行存款的实质性程序：1.核对银行存款日记账与总账的余额2.实施分析性程序3.取得并检查银行存款余额调节表4.函证银行存款余额5.抽查大额银行存款收支的原始凭证6.检查银行存款收支的正确截止7.检查披露

审计报告——注会根据中国注会审计准则的规定，在实施审计工作的基础上对被审计单位财务报表发表审计意见的书面文件。作用：鉴证、保护、证明的作用

《生物信息学》教学实践探讨第3篇

20世纪末,随着人类遗传密码的破译、多种模式生物基因组测序的完成,以及功能基因组和蛋白质组研究的开展,有关核酸、蛋白质的序列和结构等生物学数据呈现指数式增长模式[3]。这样庞大复杂的数据,如果仅仅依靠人脑的处理,是无论如何也完成不了的。因此,运用计算机辅助分析数据、排除分析误差、加快分析过程势在必行,生物信息学也就是顺应此需要而快速发展起来的。

西安交通大学医学院是西北地区率先开设这门课程的高校之一。自2002年开设《生物信息学》课程以来,历经逾10年的时间。目前,《生物信息学》是医学院研究生的必修课目、本科生的选修课目。学生专业涉及基础医学、临床医学、口腔、预防、法医、药学等,每年授课人数近500人。

本文根据笔者多年的生物信息学教学实践,对该课程的重要性及教学实践进行总结,提出几点见解,希望能引起同行专家对《生物信息学》教学方式的关注和交流,由此推动教学质量的提高。

1 《生物信息学》课程的开设,实属必要

生物信息学是一门实用性非常强的学科,内涵涉及广泛,应用领域宽广,它所提供的研究工具对生物学、医学发展至关重要。生物信息学技术在发现与识别人类疾病基因,研究基因与蛋白质的表达和功能方面发挥着关键的作用,并可帮助人类阐明疾病发生的遗传背景和分子机制,提出相应的预防措施及开发新的治疗药物[4,5]。因此,是所有从事生物医学相关学科的科研人员、临床医生、教师和学生必须掌握的知识和技能。同时,当前我国高校的人才培养模式已转变为培养“科研型人才”为主,不论本科生还是研究生,在日后的学习阶段都要进行科研工作,而生物信息学知识恰好可以帮助学生确定研究课题,明确研究方案,简化数据分析,缩短研究时间,加强分析深度,最终提高研究的可靠性和成功率,让学生少走弯路,避免不必要的重复。另外,学习生物信息学知识也是适应日后就业的需要,只具有理论知识和传统实验技能的学生目前已经不能满足用人单位的要求,同时兼备生物学理论、技术并能获取生物学最新数据和对其分析的学生才是当今时代的需要[6]。因此,开设《生物信息学》这门课程实属必要。

2 理论教学随时更新,与时俱进

任何学科都在不断地发展完善,尤其是《生物信息学》,更新速度更快。随着新的应用领域的扩展和新问题的出现,其他学科的方法也在不断地应用到生物信息学之中,这一点进一步增加了《生物信息学》多学科交叉融合的广度和深度。因此,在教学工作中教师必须紧跟学科发展方向,随时进行知识体系的更新补充,了解国际最新的前沿动态,掌握新方法、新工具,适时调整教学内容,将最新的知识传授给学生。同时,也要在教学中激发学生对科研的兴趣,鼓励学生通过各种途径自觉地关注医学发展动态,拓宽知识面。

另外,近年来,随着生物信息学的重要性越来越被大家认可,介绍和讲授生物信息学的书籍也不断涌现。但是由于各个编者的学科背景不同,各种专著的侧重点和特点也不尽相同。在这种情况下,我们教研室就在开课初期,针对医学院学生的特点,自主编写了《医用生物信息学概论》这本教材,由陕西科学技术出版社出版,作为学校《生物信息学》教学的主要参考教材。这本教材主要是从生物学研究工作的实际需要出发,针对科研工作中可能遇到的问题进行讲解,重点讲授现有生物信息学工具的使用,着重培养学生的能力,帮助学生建立一个生物信息学的思维模型,以适应今后工作学习的需要。而对于偏计算机专业的计算方法或模型的建立等非生物领域的问题只做简单介绍,让学生大致了解即可。而且,在书的附录部分还编写了上机实习指导以帮助学生在上机操作时更加一目了然,容易上手,并且可以加深和巩固学生所学的知识。目前,由于学科自身的发展和知识体系的不断更新,正在积极筹备改版,希望将这门课程的新近发展补充进去,与时俱进。

3 根据学生专业背景调整教学内容,深受欢迎

医学院学习《生物信息学》的学生,专业包括基础医学、临床医学、口腔、预防、法医、药学等,专业涉及广泛;研究的对象有人、动物、微生物和植物,主体不同,研究的内容也分为生理生化、分子生物学和细胞生物学等不同层次,所以,各个专业背景的学生对这门课程的需求也不尽相同。因此,在实际教学过程中,我们会根据上课学生的专业特点、研究对象和内容,针对性的确定教学内容。比如,对于药学专业的学生,在介绍文献数据库时,不仅介绍医学专业学生常用的数据库,另外还向同学讲授药学专业常用的《化学文摘》(CA)数据库。《化学文摘》是世界上最大、最全面的化学信息数据库,它不仅整合了文献数据库,还具有检索化学结构式、化学物质登记号和三维图像的功能,是药学专业工作者从事科研工作必须掌握的工具,因此,向药学专业的学生介绍这一工具,实为必要。经调查,这样根据学生专业来调整教学内容的授课方式深受同学们的欢迎。

4 利用多媒体网络教学,边学边练

西安交通大学是西北地区率先开通中国基础教育网的高校,网络资源非常普及,不仅每个教室、每个宿舍都通有网络,而且,近期又开通了无线上网服务,使得在校园的每个角落师生都能方便的使用到流畅的网络资源。而且,学校教室均为多媒体教室,配备有多媒体投影播放系统,能够完成形式多样的多媒体教学。以上这些硬件设施都为《生物信息学》课程的开设提供了良好的物质基础,使得《生物信息学》的理论教学突破了传统的粉笔和黑板的教学模式,结束了学生抽象地、艰难地接受教师填鸭式教学内容的窘境。在使用了“多媒体网络教学”后,教师在讲授某一较为难于理解的概念、工具、操作时,就可以直接连接到网络或打开相应软件演示给学生,让学生一目了然。当堂的“多媒体网络教学”灵活生动、简明扼要,起到了事倍功半的效果。比如,在给学生讲解蛋白质的空间构型时,如果单凭教师的平面讲解和学生的想象,是很难达到真正理解的效果的,而当堂使用了三维图像软件以后,就能给学生直观生动地展示出蛋白质的空间构象,使学生轻松地、深刻地认识生物大分子。再如,数据库的搜索和查询是生物信息学当中一个非常重要的环节,应该重点突出实际网络操作的能力,因此,在给学生讲解医学常用数据库时,就可以直接连接到数据库网页,现场演示其使用方法。这样的教学方式简明扼要,节约了课堂时间,学生又容易理解掌握,教学效果明显,而且还教会了学生自己获取信息的手段,开阔了视野。

另外,在理论教学基础上,还专门安排有上机练习的课时。上机练习是该课程非常重要的一个环节,研究生的上机学时占总学时的三分之二,本科生占总学时的四分之一。学生通过上机时自己的亲手操作,真正体会到教师讲授的知识,将这些知识转化为自己的工具,满足了个体化的学习要求,保证了教学质量。

5 以科研实例为讲解线索,生动易懂

《生物信息学》开课的时间是在研究生入学的第一学期,本科生第二或第三学年,这一时期的学生尚未进入课题研究阶段,还不了解自己即将面临的生物信息学需求,因此,在学习中不知道教师为什么要讲授这些内容,讲授的各种工具软件都有什么重要的使用价值,以及对自己日后的科研工作能起到什么帮助,感觉非常迷茫。尤其是本科生,甚至连“科研”是什么都不清楚。一旦学生产生了这样的情绪,就会导致其在学习的过程中迷失方向,抓不住重点,提不起兴趣,甚至产生抵触情绪,放弃学习。

因此,这就需要授课的教师在每介绍一个内容、工具之前要将其适用的目的、用途讲授清楚。在实际教学中,为了解决这一问题,我们在讲授时,往往采用真实科研实例为线索,让学生通过老师自己的课题,学习在做科研过程中要使用到的知识、工具和解决问题的思路。比如,教师会首先介绍自己的学科背景和科研目标,然后从怎样选择合适的关键词使用文献数据库查阅资料开始,逐一介绍怎样阅读、保存、编辑查获的文献,继而,确定要研究的目的基因。在确定了研究目标后,继续演示怎样查找该基因的核酸序列,并对核酸序列进行同源性比对及进化分析,随后使用相应的软件设计PCR引物,进行基因功能、结构预测、调控元件及转录因子预测。对核苷酸序列分析完成后,再介绍怎样查找蛋白质序列,并使用软件对该序列进行基本理化性质分析,跨膜区及信号肽预测,二级结构和空间三维结构的预测。通过教师清晰的科研思路,让学生真正掌握解决问题的思路,培养其科学思维能力。在此基础上,在教学过程中还采用探讨式教学的方式,提出问题,鼓励学生思考,让学生参与进来,通过自学或与教师、同学的协商讨论,给出解决问题的方法。这样的教学方式使学生的大脑自始至终都处于高度兴奋状态,形成了科研推动教学,教学带动科研的良性循环。

6 制定合理考核方案和成绩评定比例,理论和实践相结合

由于《生物信息学》是一门实践性很强的学科,因此在考核时也要突出这一特点,不能与纯理论型的科目一样,只考察对理论的掌握,而是要使理论与实践相结合,真正考察学生的能力。

对于研究生阶段的学生,在考核时采用的是课程研究论文的形式,要求学生结合自身专业或导师的研究方向通过自查资料,确定研究目标,然后结合学到的生物信息学分析方法对该目标进行分析,相当于为即将到来的论文开题提前练兵。

对于本科程度的学生,期末成绩的评定是由理论考试加上机作业组成的,比例分别占60%和40%。上机作业是让学生针对上机实习的内容,通过查文献,找到感兴趣的基因或蛋白,并对其核酸序列及蛋白质序列进行分析,实践性的检验学生的学习效果。

7 结语

《生物信息学》的学习是完成国际医学教育目标的一个重要手段,是赶超世界先进水平的一个绝好机遇。生物信息学的教学应以提高学生的学习自主性、实际操作能力、解决问题的综合应用能力及创新能力为目标,使学生充分体会到生物信息学与其他学科的关系,培养其自觉地将其他学科的方法和思想应用于解决生物学问题。随着今后教师自身素质的不断提高和与时俱进的教学改革,生物信息学教学方式将会被不断完善,更多的掌握现代生物信息知识和技能并具有高素质和强能力的生物医学人才将会大批涌现。

摘要：从教学实际出发,总结了医学院校《生物信息学》教学实践中的一些体会,探讨了提高学生生物医学信息处理能力的教学模式、教学内容和方法。期望通过《生物信息学》课程的讲授,使学生了解到生物信息学发展的前沿,掌握生物信息学的基本分析方法,最终达到能够在科研中独立应用生物信息学进行分析的目的。

关键词：生物信息学,教学实践,教学方式

参考文献

[1]许忠能.生物信息学[M].北京:清华大学出版社,2008.

[2]柴惠,赵虹,张婷.高等院校生物信息学双语教学课程建设之我见[J].中国高等医学教育,2010(4):83-84.

[3]楚雍烈,陈静宏,王治伦.医用生物信息学概论[M].西安:陕西科学技术出版社,2005.

[4]张林,柴惠黄,燕芬,等.新型教学体系在生物信息学中的探索与实践[J].中国高等医学教育,2010(7):57-59.

[5]孟双,徐冲,陈丽媛,等.生物信息学在生物学研究领域的应用[J].微生物学杂志,2011,31(1):78-81.

生物信息学现状分析第4篇

【关键词】生物; 信息学; 技术

中图分类号:G633.91 文献标识码:A 文章编号:1009-8283(2009)05-0258-01

1 生物信息学的产生

21世纪是生命科学的世纪,伴随着人类基因组计划的胜利完成,与此同时,诸如大肠杆菌、结核杆菌、啤酒酵母、线虫、果蝇、小鼠、拟南芥、水稻、玉米等等其它一些模式生物的基因组计划也都相继完成或正在顺利进行。人类基因组以及其它模式生物基因组计划的全面实施,使分子生物数据以爆炸性速度增长。在计算机科学领域,按照摩尔定律飞速前进的计算机硬件,以及逐步受到各国政府重视的信息高速公路计划的实施,为生物信息资源的研究和应用带来了福音。及时、充分、有效地利用网络上不断增长的生物信息数据库资源,已经成为生命科学和生物技术研究开发的必要手段,从而诞生了生物信息学。

2 生物信息学研究内容

2.1序列比对

比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性。序列比对是生物信息学的基础。两个序列的比对现在已有较成熟的动态规划算法,以及在此基礎上编写的比对软件包——BALST和FASTA,可以免费下载使用。这些软件在数据库查询和搜索中有重要的应用。有时两个序列总体并不很相似,但某些局部片断相似性很高。Smith-Waterman算法是解决局部比对的好算法,缺点是速度较慢。两个以上序列的多重序列比对目前还缺乏快速而又十分有效的算法。

2.2 结构比对

比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性。

2.3 蛋白质结构预测

从方法上来看有演绎法和归纳法两种途径。前者主要是从一些基本原理或假设出发来预测和研究蛋白质的结构和折叠过程。分子力学和分子动力学属这一范畴。后者主要是从观察和总结已知结构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构。同源模建和指认(Threading)方法属于这一范畴。虽然经过30余年的努力,蛋白结构预测研究现状远远不能满足实际需要。

2.4 计算机辅助基因识别

给定基因组序列后,正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置.这是最重要的课题之一,而且越来越重要。经过20余年的努力,提出了数十种算法,有十种左右重要的算法和相应软件上网提供免费服务。原核生物计算机辅助基因识别相对容易些,结果好一些。从具有较多内含子的真核生物基因组序列中正确识别出起始密码子、剪切位点和终止密码子,是个相当困难的问题,研究现状不能令人满意,仍有大量的工作要做。

2.5 非编码区分析和DNA语言研究

在人类基因组中,编码部分进展总序列的3~5%,其它通常称为“垃圾”DNA,其实一点也不是垃圾,只是我们暂时还不知道其重要的功能。分析非编码区DNA序列需要大胆的想象和崭新的研究思路和方法。DNA序列作为一种遗传语言,不仅体现在编码序列之中,而且隐含在非编码序列之中。

3 生物信息学的新技术

3.1Lipshutz(Affymetrix,Santa clara,CA,USA)

Lipshutz(Affymetrix,Santa clara,CA,USA)描述了一种利用DNA探针阵列进行基因组研究的方法,其原理是通过更有效有作图、表达检测和多态性筛选方法,可以实现对人类基因组的测序。光介导的化学合成法被应用于制造小型化的高密度寡核苷酸探针的阵列,这种通过软件包件设计的寡核苷酸探针阵列可用于多态性筛查、基因分型和表达检测。然后这些阵列就可以直接用于并行DNA杂交分析,以获得序列、表达和基因分型信息。

3.2 基因的功能分析

Overton(University of Pennsylvania School of Medicine,Philadelphia,PA,USA)论述了人类基因组计划的下一阶段的任务——基因组水平的基因功能分析。这一阶段产生的数据的分析、管理和可视性将毫无疑问地比第一阶段更为复杂。他介绍了一种用于脊椎动物造血系统红系发生的功能分析的原型系统E-poDB,它包括了用于集成数据资源的Kleisli系统和建立internet或intranet上视觉化工具的bioWidget图形用户界面。

Babbitt(University of California,San Francisco,CA,USA)讨论了通过数据库搜索来识别远缘蛋白质的方法。对蛋白质超家族的结构和功能的相互依赖性的理解,要求了解自然所塑造的一个特定结构模板的隐含限制。蛋白质结构之间的最有趣的关系经常在分歧的序列中得以表现,因而区分得分低(low-scoring)但生物学关系显著的序列与得分高而生物学关系较不显著的序列是重要的。

3.3 新的数据工具

Letovsky(Johns hopkins University,Baltimore,MD,USA)介绍了GDB数据库,它由每条人类染色体的许多不同图谱组成,包括细胞遗传学、遗传学、放射杂交和序列标签位点(STS)的内容,以及由不同研究者用同种方法得到的图谱。就位置查询而言,如果不论其类型(type)和来源(source),或者是否它们正好包含用以批定感兴趣的区域的标志(markers),能够搜索所有图谱是有用的。为此目的,该数据库使用了一种公用坐标系统(common coordinate system)来排列这些图谱。数据库还提供了一张高分辨率的和与其他图谱共享许多标志的图谱作为标准。共享标志的标之间的对应性容许同等于所有其它图谱的标准图谱的分配。

Candlin(PE applied Biosystems,Foster City,CA,USA)介绍了一种新的存储直接来自ABⅠPrism dNA测序仪的数据的关系数据库系统BioLIMS。该系统可以与其它测序仪的数据集成,并可方便地与其它软件包自动调用,为测序仪与序列数据的集成提供了一种开放的、可扩展的生物信息学平台。

参考文献:

[1]顾明亮. 生物芯片技术及展望[J] 滨州医学院学报, 2003,(02) .

[2]菅复春,张子宏,肖乃淼,张龙现. 基因芯片技术的应用[J] 河南畜牧兽医, 2006,(08) .

生物信息学考试整理第5篇

学设计

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教学目标

让学生体会画图和列表的价值,并初步学会运用画图和列表的方法去解决问题。

教学重点

初步学会运用画图和列表的方法去解决问题。

教学难点

培养学生灵活解决问题的能力

教学准备

教学程序

一、复习

⒈解决下列应用题

一本书6元,买3本用了多少元?

一本书元,18元可以买几本?

⒉学生列式解答,老师板书.提问:这两道题有什么相同点?有什么不同点?

要求买3本书用多少钱,要知道有什么条件?数量关系是怎样的?

第题的数量关系是怎样的?

二、教学新课

⒈教学例题第1个问:

出示例图.指名学生说图意

提问:图中已知什么,要求什么?要求”小华用去多少元”图中的哪些信息是有用的?

小组讨论:如何将有用的信息进行整理?

全班交流,老师板书并进一步讲解。

小明:

小华:

讲解:每一小格表示的是什么?说明什么?

请同学看图口述题意.提出:这样的图,也可以用线段的形式表示:

小明:

小华:

列表整理.小明

3本

8元

小华

5本

?元

请同学们列式解答,并说说解题思路

提:要求小华用去多少本,是先求什么?这也就说明小华和小明买同一种笔记本.提问:那么我拉求出小华用去多少钱后,如何检查我们算的是否正确.我们可以根椐结果看看它们的单价是不是相同的.学生检验.说明:此问题才算解决完。

2.教学例题第2个问:

出示第2个问题“小军买了多少本?”提:解决这个问题,你打算用什么方法进行整理?

同学们整理所需的条件,并说说你打算怎样解答。

学生解答

将两次求出的结果填写在书第65页上,引导观察,你有什么发现。

指出:用列表的形式整理条件从中可以发现买的本数越多,用的钱也越多,买的本数越少,用的钱越少,但每本书的单价不变。解题中,抓住这个不变的量,我们可以求出小军、小华各用多少钱。

3、小结

这节课在解决问题时,我们先整理出相应的条件,尤其是列表法,我们可以清楚的了解条件与问题之间的关系。这就是我们今天所学习的解决问题的一种策略。

三、组织练习

完成想想做做

四、布置作业

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生物制药学考试总结第6篇

陈祖地

第一章绪论

1.生物技术制药分为哪些类型？

①应用重组DNA技术；②基因药物；③天然生物药物；④合成与部分合成药物。

2.生物技术制药具有什么特征？

①高技术；②高投入；③长周期；④高风险；⑤高效益。

3.生物技术在制药中有哪些应用？

①基因工程制药；②细胞工程制药；③酶工程制药；④发酵工程制药；⑤生化工程。生物技术—是以生命科学为基础，利用生物体

第二张基因工程药物生产的过程

1.基因工程药物制造的主要程序有哪些？

主要程序：目的基因的克隆、构建DNA重组体、构建工程菌、目的基因的表达、外源基因表达产物的分离纯化、产品的检验。

2.影响目的基因在大肠杆菌中表达的因素有哪些？

表达的因素有：①外源基因的剂量；②外源基因的表达效率；③表达产物的稳定性；④细胞的代谢负荷；⑤工程菌的培养条件。

3.质粒不稳定分为哪两类，如何解决质粒不稳定性？

分为：①分裂不稳定性；②结构不稳定性。

解决质粒不稳定性的方法：①选择合适的宿主菌；②选择合适的载体；③选择压力；④分阶段控制培养；⑤控制培养条件；⑥固定化。

4.影响基因工程菌发酵的因素有哪些？如何控制发酵的各种参数？

影响因素有：①培养基的组成；②接种量；③温度；④溶解氧；⑤诱导时机；⑥诱导表达程序；⑦PH。

如何控制发酵的各种参数……………

5.什么是高密度发酵？影响高密度发酵的因素有哪些？可采取哪些方法来实现高密度发酵？

高密度发酵--是大规模制备重组蛋白质过程中，培养液中工程菌的浓度在50g DCW∕L以上的发酵工艺。

影响因素有：①培养基；②溶氧浓度；③PH；④温度；⑤代谢副产物。

实现高密度发酵地方法：①发酵条件的改进；②构建出产乙酸能力低的工程化宿主菌；③构建蛋白水解酶活力低的工程化宿主菌。

6.分离纯化常用的色谱分离方法有哪些？他们的原理是什么？

方法有：①离子交换层析；②疏水层析；③亲和层析；④凝胶过滤层析。

7.对由基因重组技术所获得的蛋白质药物产品进行鉴定时，常做哪些项目分析？常做的项目分析有：①生物活性；②理化性质；③蛋白质含量；④蛋白质纯度；⑤杂质检测；⑥稳定性；⑦产品一致性保证。

第三章动物细胞工程制药

1.离体培养的动物细胞分为哪些类型？

类型分为：①贴壁依赖型；②贴壁非依赖型。

2.生产用动物细胞有哪些种类？他们各具有什么特点？

种类有：①原代细胞；②二倍体细胞系；③转化细胞系；④融合细胞系；⑤重组工作细胞系。

3.常用的培养动物细胞的培养基的种类有哪些？

常用种类有：①天然培养基；②合成培养基；③无血清培养基。

4.如何进行动物细胞大规模培养？

①悬浮培养；②贴壁培养；③贴壁—悬浮培养。

5.动物细胞生物反应器必须具备哪些基本要求？有哪些类型？特点是什么？

必须具备的基本要求：①材料是无毒性的；②结构性能良好；③密封性能良好；④理化参数能自动检测；⑤能长期运作；⑥容器无死角；⑦维修方便；⑧设备成本低。

动物细胞反应器类型：①搅拌罐式生物反应器（高径比、搅拌转速、通气系统、密度）；②气升式生物反应器；③中空纤维式生物反应器；④透析袋或膜式生物反应器；⑤固定床或流化床式生物反应器。

特点是：……………

6.动物细胞制药有哪些新进展？

……………

第四章抗体制药

1.什么是单克隆抗体？单克隆抗体有哪些不足？

单克隆抗体--由单一的B淋巴细胞克隆产生的，针对一个抗原决定簇的抗体。

其不足有：①单克隆抗体均是鼠源性抗体，应用于人体内可产生人抗鼠抗体，加速了排斥反应，在人体内半衰期只有5-6h，难以维持有效药物作用靶组织时间；②完整的抗体分子，即Ⅰg的相对分子质量过大，难以穿透实体肿瘤组织，达不到有效的治疗浓度。

2.如何制备杂交瘤细胞？

3.基因工程抗体有哪些类型？其特性和制备方法有什么不同？

类型有：①人-鼠嵌合抗体；②改形抗体；③Fab与Fv抗体；④单链抗体；⑤单域抗体和分子识别单位。

特性和制备方法的不同有：……………

4.抗体诊断试剂有哪些类型？

类型有：①血清学鉴定用的抗体制剂；②免疫标记技术用的抗体制剂；③体内导向诊断药物。

5.抗体治疗药物有哪些？

抗体治疗药物有：①放射性同位素标记的抗体治疗药物；②抗癌药物偶联的抗体药物；③毒素偶联的抗体药物。

第五章植物细胞工程制药

1.植物细胞培养的培养基由哪些主要成分组成？

主要组成成分：①无机盐；②碳源；③有机氮源；④植物生长激素；⑤维生素等化学成分。

2.植物细胞大规模培养的主要方法及其特点是什么？

主要方法及其特点：①成批培养（一次性投入，一次性产出）；②半连续培养法（定时更换新鲜培养基）；③连续培养法（定时定速采集细胞和培养液）；④固定化培养法（细胞固定在一定位置）。

3.影响植物细胞积累次级代谢产物的因素有哪些？

因素有：①生物条件；②物理条件；③化学条件；④工业培养条件。

4.各种植物细胞培养的生物反应器的特点是什么？

植物细胞培养的生物反应器有：①机械搅拌式生物反应器；②鼓泡塔式生物反应器；③气升式生物反应器；④转鼓式生物反应器；⑤固定化细胞生物反应器。各自特点为：…………

5.植物细胞培养有哪些新进展?

新进展：①诱导子在植物细胞工程研究中的应用；②前体饲喂；③两相法培养；④转基因技术在次级代谢产物生产中的应用；⑤植物生物转化技术与生物制药。

第六章酶工程制药

1.酶工程主要研究内容是什么？

主要研究内容是：①酶分离、提纯、大批量生产及应用开发；②酶和细胞的固定化及酶反应器的研究；③酶生产中基因工程技术的应用及遗传修饰酶的研究；④酶的分子改造与化学修饰以及酶的结构与功能之间关系的研究；⑤有机相中酶反应器的研究；⑥酶的抑制剂、激活剂的开发机应用研究；⑦抗体酶、核酸酶的研究；⑧模拟酶、合成酶及酶分子的人工设计、合成的研究。

2.固定化酶和固定化细胞的特点和优点各是什么？怎样制备？

固定化酶的特点是：既具有生物催化剂的功能，又具有固相催化剂的功能。优点是：①较长时间内多次使用，稳定性高；②易于分离纯化，产品质量高；③条件易控制；④利用效率高；⑤比水溶性酶更适于多酶反应。固定化酶的制备方法：①载体结合法；②包埋法；③交联法。

固定化细胞的特点是：既有细胞特性，又有生物催化剂功能，也有固相催化剂功能。优点是：①无须进行酶的分离纯化；②回收率高；③稳定性高；④细胞内酶的辅因子可自动再生；⑤含多酶体系。固定化细胞的制备方法：①载体结合法；②包埋法；③交联法；④无载体法。

3.为什么要对酶进行化学修饰？

对酶进行化学修饰，克服酶的应用局限，人为地改变天然酶的一些性质，创造天然酶所不具备的某些优良特性甚至创造出新的活性，来扩大酶的应用领域，促进生物技术的发展。

4.何谓分子印迹？分子印迹的应用范围有哪些？

分子印迹--是指制备对某一特定化合物具有选择性的聚合物的过程。

分子印迹的应用范围有：……………

5.有机相酶反应的定义及其优点是什么？

有机相酶反应--是指酶在具有有机溶剂存在的介质中进行的催化反应。

其特点：①增加疏水性底物或产物的溶解度；②热力学平衡向合成方向移动；③可抑制有水参与的副反应；④酶不溶于有机介质，易于回收再利用；⑤容易从低沸点的溶剂中分离纯化产物；⑥酶的热稳定性提高，PH适应性扩大；⑦无微生物污染；⑧能测定某些在水介质中不能测定的常数；⑨方法简单。

6.何为人工模拟酶？